PhD/계산_서버_이용 (5) 썸네일형 리스트형 화학자를 위한 반복작업 단순화 Day 2. [Orca] Refine data - make csv, excel file with python 2020/03/14 - [PhD/계산_서버_이용] - 화학자를 위한 반복작업 단순화 Day 1. treat data from ORCA out files 앞서 만든 코드는 터미널 상에서 간략히 확인하는 용도였다. 얻은 데이터를 제대로 사용하려면 원하는 데이터만 추출해 내서 csv 나 xlsx 확장자로 기록하는게 좋다. 앞서 설명한 코드와 간단한 cvs, xlswriter 코드를 적용해서 파일을 만들 수 있다. make_csv.py #import import csv import find_from_orca_result import glob result_name_list = glob.glob('*.out') #all of out files in the directory row = 1 with open ('res.. 화학자를 위한 반복작업 단순화 Day 1. treat data from ORCA out files ORCA 로 계산한 결과 터미널에서 계산 성공여부는 간단하게 확인 할 수 있다. 1. Out file 만 모으는 디렉토리 생성 2. mv *out [디렉토리 이름] 3. 디렉토리로 이동후 tail *out -> 모든 결과 파일 뒷부분 확인. 최종 결과 데이터 추출. 파일이름은 결과 페이지 NAME = [파일이름] 으로, 에너지는 Total Energy = ~ eh ~ev 형식으로 고정되어 있다. 설계 - Out 파일 전체를 리스트 형식으로 만든다 (띄어쓰기는 제외). - 특정 패턴 뒤에 나오는 element를 추출 (이름, 에너지 등). - 계산이 실패했을 경우 에너지 값이 나오지 않는다. try - except 예외 구문으로 해결할 수 있다. 일부러 Li_1 에 대한 계산을 실패시키고 결과 파일을 만들.. 리눅스 기본 명령어 2020/02/08 - [Cheat sheet/계산 서버 이용] - 과학자가 알아야 할 리눅스 개념, 용어 설명 dir 은 디렉토리 (directory) 의 약자이다. 흔히 이야기하는 폴더를 생각하면 된다. 현재 디렉토리 표시 : pwd 현재 디렉토리 파일 리스트 출력 : ls, ll (= ls -l) 디렉토리 이동 : cd [디렉토리 이름/경로] 가려는 디렉토리가 현재 디렉토리 안에 있을때. 원하는 디렉토리의 절대 주소를 써도 된다. 디렉토리 생성 : mkdir [디렉토리 이름] 파일생성 : touch [파일 이름] 파일 내용 전체 출력 : more [파일 이름] 파일 뒤 10행 출력 : tail [파일 이름] 파일을 다른 위치로 이동 : mv [파일 이름] [원하는 위치] 파일 편집 : emacs ,.. 과학자를 위한 터미널 에뮬레이터 - 학교/기업 계산서버 이용시 계산서버는 리눅스 베이스인 경우가 많고, 연구실에서 제공되는 컴퓨터는 윈도우 운영체제가 대부분 이기 때문에 터미널 에뮬레이터가 필요하다. (맥북을 쓴다면 따로 에뮬레이터가 필요하지 않다.) 2020/02/08 - [IT/계산 서버 이용] - 과학자가 알아야 할 리눅스 개념, 용어 설명 이번에 소개할 에뮬레이터는 PuTTY이다. 무료 터미널이고, 계산화학을 위해 5년전부터 쓰고 있지만 전혀 문제가 없다. 포털에 PuTTY를 검색해서 다운받아도 되고, 또는 https://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/에서 다운 받을 수 있다. 사용법 1. 계산 서버와 연결. ! 먼저 서버관리자와 연락 할 것. 서버 관리자는 담당하는 서버의 권위자이다. 인터넷에서 본 글보다는 권.. 과학자가 알아야 할 리눅스 개념, 용어 설명 Linux : 1990년 Unix 코드를 수정해서 만든 운영체제. 개인용 Unix라고 생각하면 편하다. Unix : 오라클, AIX, HP-Ux... Linux : RHEL, CentOS, Fedora Ubuntu Ubuntu와 CentOS는 오픈 소스. 무료로 이용할 수 있다. Linux 구조 유틸리티 : 프로그램, 개발도구, 문서 편집도구 (ig. Word, Excel...) 쉘 (Shell) : 커널과 사용자를 연결시켜주는 다리 같은 역할. 사용자가 내리 명령을 해석해 커널로 전달해 수행시킴. 자주쓰는 명령을 프로그램화 할수 있음. 이것을 흔히 우리가 부르는 쉘스크립트 (Shell Script) 라고 한다. prompt (프롬프트) : 컴퓨터 터미널의 명령줄 대기 모드 상대를 말한다. 일반 유저 :.. 이전 1 다음
