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PhD

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박사 1년 - 느낀 점/고칠 점 박사과정을 시작 한 지 1년이 넘어가고 있다 (사실 조금 더 됐다). 지난 1년은 참 힘들다면 힘들고 이상한 1년이었는데, 대부분의 활동이 코로나 바이러스로 인해 제약받았기 때문이다. 그래도 나쁜점만 있던 것은 아니었다. 여러 행사가 없어진 덕에, 더 많은 논문들을 읽고 더 많은 실험을 할 수 있었던 것 같다. 지난 1년동안 열심히 살아왔다 생각하지만 그래도 아쉬움이 남는건 어쩔 수 없는 듯 하다. 혹시 대학원을 생각하는 학생, 특히 화학쪽 대학원을 생각하는 학생이 나와 같은 실수에 시간낭비하지 않았음 하는 마음에, 또 남은 2년간 같은 실수를 반복하지 않기 위해 몇가지 아쉬운 점을 적어본다. 1. 초조해 하지 말자, 실험전에 충분히 논문을 읽자. 비자 문제로, 또 코로나 바이러스 때문에 박사를 남들보다..
대학원, 이럴거면 가지마라. 한국에서 학사 연구원, 프랑스에서 석사를 하면서 많은 석사, 석박과정, 포스닥들을 만났다. 누군가는 성공적인 대학원 생활을 하고, 누군가는 대학원 생활이 나쁜 기억으로만 남아있다. 대학원 생활은 꽤나 복잡하다. 일단 학사를 마치고 알바보다 못한 시급으로 일하고, 교수님, 다른 연구실 동료들과의 관계도 중요하고, 또 정해진 기간동안 요구되는 결과가 서서히 나를 압박한다. 그렇게 졸업하고 나면 전문인력으로 분류되어 취업길이 좁아지는 것도 간과할 수 없다. 2020/02/12 - [일기] - 박사 과정을 선택한 이유 박사 과정을 선택한 이유 박사과정 학생, 대학원생 이라고 하면 생각나는 이미지가 있다. "고학력자" 라는 것만 빼면, 돈 못벌고, 밤새 일하고, 교수님에게 착취당하는 이미지다. 대학원에서 수학하는..
화학자를 위한 반복작업 단순화 Day 2. [Orca] Refine data - make csv, excel file with python 2020/03/14 - [PhD/계산_서버_이용] - 화학자를 위한 반복작업 단순화 Day 1. treat data from ORCA out files 앞서 만든 코드는 터미널 상에서 간략히 확인하는 용도였다. 얻은 데이터를 제대로 사용하려면 원하는 데이터만 추출해 내서 csv 나 xlsx 확장자로 기록하는게 좋다. 앞서 설명한 코드와 간단한 cvs, xlswriter 코드를 적용해서 파일을 만들 수 있다. make_csv.py #import import csv import find_from_orca_result import glob result_name_list = glob.glob('*.out') #all of out files in the directory row = 1 with open ('res..
화학자를 위한 반복작업 단순화 Day 1. treat data from ORCA out files ORCA 로 계산한 결과 터미널에서 계산 성공여부는 간단하게 확인 할 수 있다. 1. Out file 만 모으는 디렉토리 생성 2. mv *out [디렉토리 이름] 3. 디렉토리로 이동후 tail *out -> 모든 결과 파일 뒷부분 확인. 최종 결과 데이터 추출. 파일이름은 결과 페이지 NAME = [파일이름] 으로, 에너지는 Total Energy = ~ eh ~ev 형식으로 고정되어 있다. 설계 - Out 파일 전체를 리스트 형식으로 만든다 (띄어쓰기는 제외). - 특정 패턴 뒤에 나오는 element를 추출 (이름, 에너지 등). - 계산이 실패했을 경우 에너지 값이 나오지 않는다. try - except 예외 구문으로 해결할 수 있다. 일부러 Li_1 에 대한 계산을 실패시키고 결과 파일을 만들..
좋은 논문 쓰는 법 좋은 논문 "좋은 논문" 을 쓰는 것은 중요하다. literature project를 하다보면 느끼듯, 논문도 좋은 논문, 나쁜 논문이 있다. 물론 과학분야에서는 실험결과를 전달하는게 주 목적이기 때문에 어떤 발견을 했는지가 논문의 질을 가르는 절대적인 요소지만, 그럼에도 불구하고 읽기 즐거운 논문, 읽는 동안 피곤해지는 논문이 분명히 존재한다. 과학자는 단순히 과학적인 발견에만 집중 할 것이 아니라, 그 발견을 독자에게 온전히 전달할 의무 역시 가지고 있기 때문에, 읽기에 좋은 논문을 쓰는 것도 연구만큼 중요하다. 논문을 쓴다는 건 벽돌을 만드는 것과 같다고 생각한다. 그리고 논문을 읽는 독자는 자신의 집을 짓기 위해 벽돌을 사려온 까탈스러운 고객이다. 좋은 재료로 벽돌을 만든다고 해도, 그 벽돌의 모..
리눅스 기본 명령어 2020/02/08 - [Cheat sheet/계산 서버 이용] - 과학자가 알아야 할 리눅스 개념, 용어 설명 dir 은 디렉토리 (directory) 의 약자이다. 흔히 이야기하는 폴더를 생각하면 된다. 현재 디렉토리 표시 : pwd 현재 디렉토리 파일 리스트 출력 : ls, ll (= ls -l) 디렉토리 이동 : cd [디렉토리 이름/경로] 가려는 디렉토리가 현재 디렉토리 안에 있을때. 원하는 디렉토리의 절대 주소를 써도 된다. 디렉토리 생성 : mkdir [디렉토리 이름] 파일생성 : touch [파일 이름] 파일 내용 전체 출력 : more [파일 이름] 파일 뒤 10행 출력 : tail [파일 이름] 파일을 다른 위치로 이동 : mv [파일 이름] [원하는 위치] 파일 편집 : emacs ,..
과학자를 위한 터미널 에뮬레이터 - 학교/기업 계산서버 이용시 계산서버는 리눅스 베이스인 경우가 많고, 연구실에서 제공되는 컴퓨터는 윈도우 운영체제가 대부분 이기 때문에 터미널 에뮬레이터가 필요하다. (맥북을 쓴다면 따로 에뮬레이터가 필요하지 않다.) 2020/02/08 - [IT/계산 서버 이용] - 과학자가 알아야 할 리눅스 개념, 용어 설명 이번에 소개할 에뮬레이터는 PuTTY이다. 무료 터미널이고, 계산화학을 위해 5년전부터 쓰고 있지만 전혀 문제가 없다. 포털에 PuTTY를 검색해서 다운받아도 되고, 또는 https://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/에서 다운 받을 수 있다. 사용법 1. 계산 서버와 연결. ! 먼저 서버관리자와 연락 할 것. 서버 관리자는 담당하는 서버의 권위자이다. 인터넷에서 본 글보다는 권..
과학자가 알아야 할 리눅스 개념, 용어 설명 Linux : 1990년 Unix 코드를 수정해서 만든 운영체제. 개인용 Unix라고 생각하면 편하다. Unix : 오라클, AIX, HP-Ux... Linux : RHEL, CentOS, Fedora Ubuntu Ubuntu와 CentOS는 오픈 소스. 무료로 이용할 수 있다. Linux 구조 유틸리티 : 프로그램, 개발도구, 문서 편집도구 (ig. Word, Excel...) 쉘 (Shell) : 커널과 사용자를 연결시켜주는 다리 같은 역할. 사용자가 내리 명령을 해석해 커널로 전달해 수행시킴. 자주쓰는 명령을 프로그램화 할수 있음. 이것을 흔히 우리가 부르는 쉘스크립트 (Shell Script) 라고 한다. prompt (프롬프트) : 컴퓨터 터미널의 명령줄 대기 모드 상대를 말한다. 일반 유저 :..